Ce véritable parlement interne, composé de membres représentant chacune des 15 Régionales, de délégués des parlementaires et de membres cooptés - une septantaine de personnes en tout - se réunit chaque mois au moins.

C’est là que, par exemple, se discutent des points politiques, comme des positionnements ou des actions coordonnées sur le terrain, mais aussi les programmes électoraux ou des points touchant à l’organisation du parti. Le Conseil gère aussi les ordres du jour des Assemblées générales.

Ces réunions sont ouvertes à tous les membres d’ECOLO bien que seuls les délégués y aient le droit de vote.

Formellement les compétences du CF sont les suivantes (voir les statuts art. 22 pour plus de détails) :
 stratégie politique entre les AG
 contrôle du Secrétariat fédéral
 procédures de constitution des listes pour les élections fédérales et européennes et validation des listes électorales désignées par les autres niveaux (région, province, commune)
 élaboration du programme électoral pour les élections fédérales et européennes
 contrôle des membres des assemblées parlementaires et de leurs exécutifs
 organisation interne du parti (ROI, organigramme)
 élaboration et contrôle du budget et vérification des comptes
 organisation des Assemblées générales

Le Conseil de Fédération est composé de la manière suivante

 60 délégués régionaux
Les 15 arrondissements de Wallonie et de Bruxelles sont représentés au Conseil de Fédération. C’est en quelque sorte notre sénat des régions. Chaque Régionale ECOLO est représentée par 2 délégués et davantage en fonction du nombre d’affiliés. Le mandat est de 2 ans renouvelable.

 7 délégués des parlementaires
Chaque Groupe parlementaire est représenté par un délégué pour la durée de la législature parlementaire. Ils contribuent à l’unité de réflexion et d’action entre le parti et ses mandataires.

 6 délégués cooptés (maximum)
Ils sont élus par les délégués régionaux et les délégués des parlementaires lors du Conseil de Fédération de rentrée et ce pour un mandat de 2 ans renouvelable. Les délégués cooptés assurent au Conseil une diversité de points de vue thématiques (genre, international, etc.)